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GenomeMiner
ゲノム研究開発のためのバイオインフォマティクス・ワークスペース

ゲノムデータを、研究の意思決定につなげる。

GenomeMinerは、微生物・ゲノム探索チームが研究データを整理し、マネージドなバイオインフォマティクス・パイプラインを実行し、解析の進捗を追い、共同研究者と結果を確認できる場を、ひとつにまとめます。

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無料のパイロットアクセスと、プロジェクト単位のパイプラインクレジットをご利用いただけます。
Strain Discovery
研究ワークスペース・12ゲノム
研究データ
isolate_04.fastq
2.4 GB · tagged
reference.gbk
annotated
実行中の解析
Flye Assembly
実行中・5ステップ中3
ライブ
成果物
Prokka
annotation.gff
BUSCO
完全性 98.1%
主なパートナー
研究を、ひとつにつなぐ

あなたの研究が、ファイルやスクリプト、引き継ぎの中に埋もれてはいけません。

データはストレージに、解析は別の場所に、結果はばらばらのフォルダやメッセージで共有される——そうなるとゲノム研究は追いにくくなります。解析自体は完了していても、その入力・履歴・成果物・判断の背景がすぐに失われてしまうのです。

分断された研究
研究ファイル 解析スクリプト 計算環境 実行ステータス 出力フォルダ 共同研究者との進捗共有
GenomeMinerワークスペース
共同研究者
データストア
パイプライン実行
結果
出力ファイル
ログ
解析
ワークスペースの更新・結果の準備が整うとチームに通知

何が起きたかを把握する

各解析に使用した入力、実行の詳細、ログ、ステータス、成果物を保持します。

データと結果をつなぐ

研究ファイルと解析成果物を、プロジェクトを実施しているワークスペース内で管理します。

チーム全体で作業を進める

科学者・計算専門家・共同研究者・クライアントが、同じ研究プログラムをそれぞれに適切な範囲で確認できるようにします。

GenomeMinerはゲノム解析を支える共有の運用基盤を提供し、作業の実行・レビュー・継続を容易にします。

ひとつにつながる研究サイクル

研究データから、レビュー可能な成果物へ。

GenomeMinerはゲノム解析を取り巻く実務の各段階をつなぎ、データ・実行履歴・結果を同じ研究ワークスペース内で利用できるようにします。

ステージを選ぶとプレビューが更新されます
app.genomeminer.ai · Strain Discovery
GenomeMiner Datastore showing folders, research files, selected items, and the Actions menu
EDMSeq pipeline configuration showing required reference genome, annotation, and sample file inputs
Completed Unicycler pipeline run overview showing status, runtime, results, and downloadable output files
Completed Prokaryote pipeline step showing downloadable table, text, and sequence output files

どの段階も、ワークスペース・実行を開始した研究者・プロジェクトの履歴とつながったままです。

パイプラインの対応範囲

シーケンスデータを生物学的知見へとつなぐ一連の作業を支援します。

GenomeMinerは、シーケンスデータの準備からゲノムのアセンブリ・アノテーション・比較・特性解析まで、ゲノム研究の中核となる幅広いタスクに対応する実行可能なパイプラインを提供します。

Illumina Read Processing Nanopore Read Processing Dorado Basecaller Dorado Aligner Minimap2 NanoPlot
Canu Flye Hifiasm Hybrid Assemble Unicycler BUSCO Merqury
Prokka MiGA Taxonomy MetaPhlAn 4 BGC Identification AMRFinderPlus PlasmidFinder geNomad
Nanopore Variant Calling VCF Sample Diff Plotsr GSEApyEnricher RNA Aging ElasticNet SoilMicrobiomeDroughtML
パイプライン要件を相談する
ひとつのワークスペース、役割に応じた閲覧範囲

科学者・計算専門家・外部パートナーの足並みを揃える。

研究プログラムには、異なる役割を担う人々が関わります。GenomeMinerなら、共有ワークスペースで作業を整理しながら、プロジェクトを管理・更新・レビューできる人を制御できます。

オーナーと編集者

ワークスペースを管理し、データを整理し、パイプラインを設定して、研究プログラムを主導します。
管理・実行

共同研究者

共有されたプロジェクトデータを扱い、更新状況を追い、研究プロセスに貢献します。
貢献・レビュー

クライアントと外部パートナー

該当ワークスペースについて、結果を中心とした制限付きの画面を閲覧します。
結果を確認

ワークスペースの更新状況、実行状況、メンバー、研究ファイル、リソース使用状況から、プロジェクト全体を明確に把握できます。

プラットフォームをプログラムに合わせる

まずはコアワークスペースから。研究のニーズに合わせて拡張。

GenomeMinerのコア機能は、研究データ・マネージドパイプライン・実行履歴・成果物・共同作業をひとつにつなぎます。専門機能は、ワークスペースやアカウントのニーズに応じて有効化できます。

コアプラットフォーム
研究データを整理し、パイプラインを設定し、解析状況を追い、成果物を確認し、ワークスペース単位のプロジェクトで共同作業を進めます。
研究データとデータストア
構造化されたワークスペースのデータストアで、ファイル・フォルダ・タグ・アーカイブを整理します。
マネージドパイプライン
構造化された入力・参照データ・パラメータを使って、対応する解析を設定します。
実行履歴と成果物
ステータスを追跡し、ログを確認し、完全な解析履歴とともに成果物を保持します。
ワークスペースでの共同作業
チームメンバーやパートナーに、プロジェクトデータ・更新状況・結果への適切なアクセス権を付与します。
オプション
専門ツール
必要なワークスペースに、配列編集・ゲノム可視化・BLAST検索・クラウドノートブックの機能を追加します。
シーケンスエディタ
DNA・タンパク質配列の編集、アノテーション管理、ORF探索、アラインメント、GenBankアノテーションの操作を行います。
ゲノムビューア
FASTA・GFF・VCF形式のデータを使って、ゲノムデータを可視化します。
BLAST検索
ワークスペース内にデータベースを作成し、類似性検索を実行して、結果を確認・ダウンロードします。
Jupyterノートブック
計算リソースを設定できる、ワークスペース連携型のノートブックを起動します。
パイプライン・プログラム支援
すでに解析プロセス・スクリプト・デプロイ要件をお持ちのチームは、パイプラインの設計・移行や、プログラムに適した構成についてGenomeMinerにご相談ください。
パイプライン設計と移行
プログラムとアカウントの構成
デプロイ要件
パイロットアクセスを申し込む
研究プログラムの例

チームがGenomeMinerを活用する3つの方法。

プログラム種別

微生物候補の探索

アグリバイオ・産業バイオの研究開発
Microbial inhibition screening plate comparing Act17, Strep1, Strep2, and Bac
微生物の阻害活性スクリーニングプレート
研究上の課題
探索チームには有望な分離株がありますが、サンプル情報・シーケンスファイル・アセンブリ・スクリーニング記録が複数のツールに分散しています。株ごとの根拠を比較し、次に試験すべき候補を判断することが困難です。
GenomeMinerでの構成
各株を共有ワークスペースで整理し、リード処理、アセンブル済みゲノムの評価、分類・アノテーション・生合成遺伝子クラスター解析を実行します。構造化された記録によって、候補株とファイル・実行履歴・成果物を結びつけます。
運用上の成果
研究者は各株について、追跡可能な根拠一式を確認し、最も有望な候補をウェットラボでの検証へ進められます。同時に、共同研究者が参照できる完全な解析履歴も保持されます。
分離株ライブラリから、根拠のある実験候補リストへ。
無料プロジェクト・パイロット

ご自身の研究プロジェクトでGenomeMinerを試す。

プロジェクトについてご相談いただければ、データと解析のニーズに応じた無料のプラットフォームアクセスとパイプラインクレジットを提供します。

1データと研究目標についてお聞かせください。
2関連するパイプラインを選定し、適切なクレジット配分を決定します。
3無料のプラットフォームアクセスを利用して、ご自身のプロジェクトでGenomeMinerを評価できます。
無料パイロットアクセスを申し込む

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ご連絡先をご入力ください。プロジェクトに適した構成をご提案するため、担当者からご連絡します。

あなたの組織に最も当てはまるものを選んでください

アクセス期間とパイプラインクレジットは、合意したプロジェクトの範囲に基づきます。