研究を、ひとつにつなぐ
データはある場所に、解析は別の場所に、結果はメールや共有フォルダで行き交う——そうなると、あらゆる判断の背景が失われていきます。チームは追跡できない作業をやり直し、スクリプトの使い方を知るただ一人の担当者を待つことになります。
分断された研究
GenomeMinerワークスペース
共同研究者ワークスペースの更新・結果の準備が整うとチームに通知
入力・パラメータ・ログ・成果物が実行ごとに記録されるため、手探りの調査なしに結果を確認・再現できます。
科学者はガイド付きフォームから対応パイプラインを実行し、計算専門家は解析手法の管理を維持できます。
科学者・専門家・共同研究者・クライアントが、それぞれ適切なアクセス権のもとで同じ研究プログラムに取り組めます。
ひとつにつながる研究サイクル
GenomeMinerはゲノム解析を取り巻く実務の各段階をつなぎ、データ・実行履歴・結果を同じ研究ワークスペース内で利用できるようにします。
01
ファイルのアップロード、フォルダ作成、タグ付け、アーカイブ作成を行い、プロジェクトの構造化された研究記録を維持します。
02
対応パイプラインを選び、必要なファイル・参照データ・パラメータなどを構造化されたフォームで指定します。
03
進行中・過去の解析を確認し、ステータスを監視し、実行の詳細を調べ、進捗に応じてログをレビューします。
04
パイプラインの成果物を確認し、結果をダウンロードするか、実行結果や出力データをワークスペースのデータストアにコピーして研究を継続します。
パイプラインの対応範囲
ソフトウェアのインストールや計算資源の準備なしに、ゲノム研究の各段階で定評あるツールを実行できます。各実行の入力・パラメータ・ログ・成果物はひとまとめに保持されます。
リード処理、ベースコール、アラインメント、サブサンプリング、品質管理、シーケンシングデータの可視化。
ロングリード・ショートリード・ハイブリッドのアセンブリと、ゲノムおよびアセンブリの評価。
アノテーション、分類、生合成遺伝子クラスター、薬剤耐性、可動性遺伝因子。
バリアント解析、ゲノム比較、機能エンリッチメント、トランスクリプトミクス、メチル化、機械学習。
既存のスクリプトや検証済みの手法を、チーム全員が実行できるマネージドパイプラインに変換します。
研究チームのために
研究プログラム全体でひとつのワークスペースを共有しながら、管理・貢献・結果の閲覧のみ、といった権限を制御できます。
ワークスペースを管理し、データを整理し、パイプラインを設定して、研究プログラムを主導します。
共有されたプロジェクトデータを扱い、更新状況を追い、研究プロセスに貢献します。
該当ワークスペースについて、結果を中心とした制限付きの画面を閲覧します。
プラットフォームをプログラムに合わせる
GenomeMinerのコア機能は、研究データ・マネージドパイプライン・実行履歴・成果物・共同作業をひとつにつなぎます。専門機能は、ワークスペースやアカウントのニーズに応じて有効化できます。
研究データを整理し、パイプラインを設定し、解析状況を追い、成果物を確認し、ワークスペース単位のプロジェクトで共同作業を進めます。
すでに解析プロセス・スクリプト・デプロイ要件をお持ちのチームは、パイプラインの設計・移行や、プログラムに適した構成についてGenomeMinerにご相談ください。
必要なワークスペースに、配列編集・ゲノム可視化・BLAST検索・クラウドノートブックの機能を追加します。
活用例
プログラム種別
アグリバイオ・産業バイオの研究開発
分離株ライブラリから、根拠のある実験候補リストへ。
探索チームには有望な分離株がありますが、サンプル情報・シーケンスファイル・アセンブリ・スクリーニング記録が複数のツールに分散しています。株ごとの根拠を比較し、次に試験すべき候補を判断することが困難です。
各株を共有ワークスペースで整理し、リード処理、アセンブル済みゲノムの評価、分類・アノテーション・生合成遺伝子クラスター解析を実行します。構造化された記録によって、候補株とファイル・実行履歴・成果物を結びつけます。
研究者は各株について、追跡可能な根拠一式を確認し、最も有望な候補をウェットラボでの検証へ進められます。同時に、共同研究者が参照できる完全な解析履歴も保持されます。
プログラム種別
シーケンスラボ・バイオインフォマティクスチーム
すべてのゲノムを、レビュー可能・再現可能で、次の解析に使える状態へ。
新しいシーケンスバッチが定期的に届く一方、処理はスクリプト・ローカル計算環境・手作業で整理した出力フォルダに依存しています。サンプル間で進捗や品質判定を一貫した方法で確認することが困難です。
IlluminaまたはNanoporeのデータをワークスペースに取り込み、リード処理・アセンブリ・BUSCOやMerquryなどの評価パイプラインを実行します。実行状況・ログ・パラメータ・成果物は各解析に紐づいたまま保持されます。
各サンプルについて、生リードから評価済みゲノムまでの一貫したレビュー可能な工程を確認できます。プロセスを組み直すことなく、失敗の調査、再実行、QC成果物の比較、承認済み結果の保持が可能です。
プログラム種別
トランスレーショナル研究・研究支援チーム
専門解析を、より広い研究チームが繰り返し利用できるサービスへ。
検証済みのトランスクリプトミクス・バリアント解析・機械学習プロセスがあっても、入力準備・各ステップの実行・結果の整理は専門家に依存しています。この依存が繰り返し行う作業を遅らせ、共同研究者との引き継ぎを増やします。
既存プロセスを、構造化された入力とあらかじめ定義された計算要件を持つマネージドパイプラインに変換します。ワークスペースの役割に応じて、研究者・計算専門家・外部パートナーに、データ・実行履歴・結果への適切なアクセス権を付与します。
環境や手順を毎回組み直すことなく、パイプラインを繰り返し実行できます。専門家は実行の詳細を確認でき、プロジェクトチーム全体は進捗を追いながら、ひとつの場所で成果物を確認できます。
無料プロジェクト・パイロット
プロジェクトについてお聞かせください。ワークスペースを用意し、最適なパイプラインをご提案し、無料クレジットを提供します。デモデータではなく、実際の研究でGenomeMinerを評価いただけます。
パイロットの流れ
