ひとつにつながる研究サイクル
研究データから、レビュー可能な成果物へ。
GenomeMinerはゲノム解析を取り巻く実務の各段階をつなぎ、データ・実行履歴・結果を同じ研究ワークスペース内で利用できるようにします。
ステージを選ぶとプレビューが更新されます
どの段階も、ワークスペース・実行を開始した研究者・プロジェクトの履歴とつながったままです。
パイプラインの対応範囲
シーケンスデータを生物学的知見へとつなぐ一連の作業を支援します。
GenomeMinerは、シーケンスデータの準備からゲノムのアセンブリ・アノテーション・比較・特性解析まで、ゲノム研究の中核となる幅広いタスクに対応する実行可能なパイプラインを提供します。
Illumina Read Processing
Nanopore Read Processing
Dorado Basecaller
Dorado Aligner
Minimap2
NanoPlot
Canu
Flye
Hifiasm
Hybrid Assemble
Unicycler
BUSCO
Merqury
Prokka
MiGA Taxonomy
MetaPhlAn 4
BGC Identification
AMRFinderPlus
PlasmidFinder
geNomad
Nanopore Variant Calling
VCF Sample Diff
Plotsr
GSEApyEnricher
RNA Aging ElasticNet
SoilMicrobiomeDroughtML
ひとつのワークスペース、役割に応じた閲覧範囲
科学者・計算専門家・外部パートナーの足並みを揃える。
研究プログラムには、異なる役割を担う人々が関わります。GenomeMinerなら、共有ワークスペースで作業を整理しながら、プロジェクトを管理・更新・レビューできる人を制御できます。
オーナーと編集者
ワークスペースを管理し、データを整理し、パイプラインを設定して、研究プログラムを主導します。
共同研究者
共有されたプロジェクトデータを扱い、更新状況を追い、研究プロセスに貢献します。
クライアントと外部パートナー
該当ワークスペースについて、結果を中心とした制限付きの画面を閲覧します。
ワークスペースの更新状況、実行状況、メンバー、研究ファイル、リソース使用状況から、プロジェクト全体を明確に把握できます。
研究プログラムの例
チームがGenomeMinerを活用する3つの方法。
無料プロジェクト・パイロット
ご自身の研究プロジェクトでGenomeMinerを試す。
プロジェクトについてご相談いただければ、データと解析のニーズに応じた無料のプラットフォームアクセスとパイプラインクレジットを提供します。
1データと研究目標についてお聞かせください。
2関連するパイプラインを選定し、適切なクレジット配分を決定します。
3無料のプラットフォームアクセスを利用して、ご自身のプロジェクトでGenomeMinerを評価できます。